A casa de espetáculos mais antiga do Rio de Janeiro foi construída com material abandonado destinado à nova Sé (Sedes Episcopalis da Igreja Católica). Inaugurado em 13 de outubro de 1813 por Dom João VI, com o nome de Real Theatro de São João, o Teatro João Caetano foi cenário de importantes acontecimentos históricos do país.
Prestes a completar 200 anos, o teatro foi palco de acontecimentos históricos para o país, como a assinatura da primeira Constituição brasileira, além de receber consagrados artistas de todo o mundo. Em 1885, a atriz italiana Eleonora Duse esteve no palco e, em 1886, Sarah Bernhard. Dos brasileiros, a lista é repleta de grandes nomes como Fernanda Montenegro, Paulo Autran, Bibi Ferreira, Fernanda Torres, Marco Nanini, Maria Bethânia, Gal Costa e vários outros.
Vítima de incêncios e depredações, o teatro logo se tornou um ícone para a população carioca. Em 1824 durante a solenidade de assinatura da Constituição brasileira, um incêndio tomou conta da casa, sendo reinaugurada em 1826, com o nome de Teatro São Pedro de Alcântara.
Com a abdicação de Dom Pedro I, em 1831, o teatro foi invadido e depredado e, depois de reconstruído, passou a se chamar Teatro Constitucional Fluminense. O ator João Caetano e sua companhia arrendaram o Teatro por volta de 1840, fazendo de suas temporadas umas das mais famosas da época.
Durante a ocupação da companhia, o teatro pegou fogo por mais três vezes, ficando completamente destruído em uma delas.
Na década de 70, Albino Pinheiro realizou o projeto Seis e Meia, que apresentava shows a preços populares na hora do rush.
A mais recente reforma do teatro foi em 2008 e entregue à população em 2009 com o musical Tom e Vinícius. Com recursos da Secretaria de Estado de Cultura, obras de infraestrutura foram realizadas. Além de feita descupinização do prédio, o telhado foi reformado e o palco restaurado. Dois painéis do pintor Di Cavalcanti também receberam nova iluminação e voltaram a ser destaque na decoração da sala.
O João Caetano também passou a oferecer mais comodidade e facilidade às pessoas com necessidades especiais ao adaptar suas instalações. Por esse fato, o teatro teve o número de assentos reduzidos de 1.222 para 1.127.
O espaço pertence à FUNARJ / Fundação Anita Mantuano de Artes do Estado do Rio de Janeiro, vinculada à Secretaria do Estado de Cultura.
